청건연대는 정확히 알수 없으나 신라 제46대 문성왕 2년(AD 840)에 혜 감국사가 창건하였다고 전해지며 東國與地勝覽(동국여지승람)의 칠갑 산에 정혜사가 이었음을 기록하고 있다. 이것으로 조선 전기까지 절 이 있었고 고려이전 부터 고찰이었음을 알 수 있다. 그후 조선시대를 걸쳐 淨慧寺(정혜사)가 定慧寺(정혜사)로 변칭된 것 으로 보인다. 1907년 큰화재로 소실되어 1908년 월파스님에 의해 지금 정혜사가 재 건되었다. 이사찰에는 오세창선생이 쓴 정혜사라는 편액이 걸려있다. 이 정혜사 는 대사원으로 소속암자도 많았던 것으로 추정된다. 지금도 혜림암. 석굴암. 서전암등이 남아있다.